Az amerikai elnök elrabolt lánya, Ashley Graham megkeresésére küldött titkosügynök, Leon S. Kennedy két társával egy spanyol falu, Los Iluminados erdővel borított tájára érkezik. Megjelenésük után azonban a falu lakosai nem várt módon rájuk támadnak, és brutálisan megölik őket, csupán Leon éli túl a lincselést.
Az ügynök kénytelen szembeszállni a falusiakkal, és a szintén rátámadó különös lényekkel: egy rejtélyes tavi szörnnyel, egy trollszerű szörnyeteggel, és valamiféle vírus által megfertőzött farkaskutyákkal. Ezeket legyőzve azonban egy Bitores Mendez nevű férfi elfogja Leont, így az találkozik egy helyi nyomozóval, Luis Sera-val, akivel együtt végül sikerül megszökniük.
A két férfi útja különválik, később Leon pedig pótolni tudja hiányzó fegyvereit: egy rejtélyes csuklyás idegen ugyanis többször megjelenik, és üzletel vele. Leon hosszas botorkálás után egy templomban rátalál az elrabolt Ashley-re, távozásukat azonban uruk, Saddler parancsára a helyiek nem engedik.
A két fiatalnak sikerül végezni az útjukat álló Mendezzel -aki a harc alatt pókszerű szörnyeteggé alakul át-, üldözőik elől pedig egy közeli várba menekülnek.
Csakhogy itt a vár ura, a törpe Ramon Salazar nem fogadja őket barátságosan: Ashley-t elfogatja, Leon megölésére pedig több tucat vírus által fertőzött szektást küld. Az összecsapások során Leon egy ismerős arctól kap segítséget: a váratlanul felbukkanó Luistól. A férfi elmondja, hogy Saddler parancsára gyilkos vírussal fertőzték meg a helyieket, elfogásuk után pedig Leont és Ashley-t is, az ellenszert azonban sikerült megszereznie.
Csakhogy ekkor Luist egy szörnyszerű lény egyik csápja keresztülszúrja és megöli, Leon pedig ismét menekülni kényszerül, méghozzá a vár alatti csatornákba. Idelenn a férfi rengeteg szúnyogszerű, repülő lénnyel és két trollal találja szembe magát, ráadásul Salazar is leküldi egyik testőrét, hogy likvidálja a betolakodót.
Leonnak azonban sikerül megölnie támadóit, és a felszínre térve Salazarral is összecsap. Mikor Salazar és másik testőre látja, hogy ellenfelük túl erősnek bizonyul, a vérükben keringő vírus segítségével egy hatalmas húsevő növénnyé változnak, ennek ellenére Leon mindkettejükkel végez.
Mikor kiderül, hogy Ashley-t egy közeli szigetre szállították át, feltűnik a színen Leon egyik régi ismerőse, az Umbrella Corporationnak dolgozó Ada Wong, és egy motorcsónakkal átszállítja a férfit a szigetre.
Ada váratlanul eltűnik, Leonnak pedig újabb ellenségei adódnak: a szigeten táborozó, állig felfegyverzett, fertőzött katonák, és néhány elszabadult kísérleti alany. Leon társa -akivel rádión tartja a kapcsolatot-, Ingrid egy régi barát, Mike által vezetett harci helikoptert küld segítségképpen, ám azt hosszas lövöldözés után a katonák felrobbantják.
Végül a katonák parancsnoka, az államokban elhunytnak hitt Jack Krauser is felfedi magát, és szembeszáll Leonnal. Első összecsapásukban Leon alulmarad, ekkor Ada siet a segítségére, másodszorra azonban Leon legyőzi ellenfelét, ráadásul ezután a csatatérként szolgáló romok is a levegőbe repülnek.
Leon végül rátalál Ashley-re, és kiszabadítja azt Saddler karmai közül, majd miután az ellenszerrel sikerült magukból kiírtani a vírust, elindul, hogy végleg leszámoljon Saddlerrel. A csatára egy helikopterleszállón kerül sor, ahol Saddler nem várt módon egy hatalmas, pókszerű lénnyé változik.
Végül Ada is megjelenik, és egy rakétavetőt dob Leonnak, aki ezt használva megöli Saddlert. Halála után Leon a maradványokhoz lép, ahol megpillantja a vírus egyik fecskendőbe zárt prototípusát, ám ekkor Ada pisztollyal a kezében magának követeli azt. Egy Jet-ski kulcsot ad Leonnak, elárulja, hogy a sziget néhány percen belül fel fog robbanni, és hogy az Umbrella Corporationnak dolgozik, majd felszáll az érte jövő helikopterrel, melyen a cég főnöke, Albert Wesker is ül.
Leon és Ashley versenyt futva az idővel eljut a Jet-ski-ig, és annak segítségével időben elhagyják a szigetet, ami nem sokkal később a levegőbe repül…
